Самым важным моментом ИКСИ является отбор сперматозоидов для введения в яйцеклетку. Поскольку в данном случае отсутствует естественный отбор, эмбриолог должен тщательно отобрать самые лучшие сперматозоиды и исключить сперматозоиды с патологической морфологией, имеющиеся в эякуляте каждого мужчины. Под действием активных форм кислорода в сперматозоидах образуются апоптозные пузырьки, приводящие к повреждению – фрагментации ДНК сперматозоидов, что резко снижает вероятность наступления беременности после переноса эмбрионов, полученных в результате искусственного оплодотворения яйцеклеток такими сперматозоидами. Такие дефекты не всегда можно обнаружить при наблюдении в обычный микроскоп. Для обнаружения таких апоптозных дефектов используется специальная сверхвысокоразрешающая высококонтрастная видеомикроскопия. Данный метод отбора сперматозоидов занимает гораздо больше времени, чем традиционная процедура ИКСИ, однако позволяет существенно повысить эффективность ЭКО в случаях тяжелого мужского фактора бесплодия. Подобный метод отбора сперматозоидов также используется в ряде ведущих клиник мира, где он получил название ИМСИ (англ. IMSI – intracytoplasmic morphologically normal sperm injection – интрацитоплазматическая инъекция морфологически нормального сперматозоида). По статистическим данным ВОЗ за 5 лет, вероятность беременности при ИКСИ составляет 30%, а использование технологии ИМСИ (IMSI), повышает вероятность беременности до 70 %.